Внедряется в память компьютера при загрузке с инфицированного диска. При этом системный загрузчик считывает содержимое первого сектора диска, с которого производится загрузка, помещает считанную информацию в память и передает на нее (т.е. на вирус) управление. В дальнейшем загрузочный вирус ведет себя, как файловый: перехватывает обращения операционной системы к дискам и инфицирует их, в зависимости от некоторых условий совершает деструктивные действия или вызывает звуковые или видеоэффекты. Существуют нерезидентные загрузочные вирусы — при загрузке они заразают MBR винчестера и дискеты, если те присутствуют в дисководах. Затем такие вирусы передают управление оригинальному загрузчику и на работу компьютера более не влияют.